Правление Иди Амина отмечено проявлениями крайнего национализма и трайбализма: число его жертв колеблется от 100 тыс. до 300 тыс. чел., причем уничтожены были целые народы. Противники Амина во главе с Оботе обратились за помощью к Танзании, вооруженные силы которой начали военные действия на территории Уганды. 13 апреля 1979 Амин бежал из осажденной столицы Кампалы, скрывшись сначала в Ливии, затем — в Саудовской Аравии.
Иди Амин сменил за время своего президентства пять жён и около тридцати официальных любовниц.
В 1989 Амин, всерьёз считавший, что народ Уганды нуждается в его возвращении, попытался вернуться в страну, опираясь на вооружённую группировку полковника Джумы Ориса. Готовясь к восстановлению власти над Угандой, экс-президент прибыл в Киншасу, однако через некоторое время был отправлен назад в Саудовскую Аравию заирским диктатором Мобуту Сесе Секо.
В последнии годы бывший правитель страдал повышенным кровяным давлением. 20 июля 2003 одна из жён Амина, Медина, объявила, что он впал в кому и находится в госпитале им. короля Фейсала в Джидде. До последних дней своей жизни Амин получал сообщения с угрозами в свой адрес.
Иди Амин умер в Саудовской Аравии 16 августа 2003 в возрасте 75 лет и был похоронен в Джидде.