С примечаниями и под редакцией Эткинда вышли в свет сочинения Вольтера, Бодлера, Верлена, Золя, Брехта. Автор книг: «Поэзия перевода» (1963), «Мастера русского перевода» в двух томах (1968), «Разговор о стихах» (1970), «Русские поэты-переводчики от Тредиаковского до Пушкина» (1973).
С середины 1960-х гг. поддерживал тесные контакты с А. И. Солженицыным, в результате чего в 1969 попал на заметку КГБ. В апреле 1974 был лишен ученой степени доктора наук, профессорского звания, места работы, исключен из Союза писателей СССР за антисоветскую деятельность. В октябре 1974 эмигрировал во Францию, где продолжил свою научную и преподавательскую деятельность в Сорбонне.
На Западе были опубликованы его многочисленные работы: «Материя стиха» (Париж, 1978; 2-е изд. 1986), «Кризис одного искусства. Опыт поэтики поэтического перевода» (Лозанна, 1983), «Русская поэзия от XVIII века до наших дней» (1982 — на немецком языке, 1983 — на французском языке). В 1990-е гг. стали выходить книги Эткинда и в России («О русской поэзии XX века», «Немецкая поэзия в переводах Ефима Эткинда», «Внутренний человек» и внешняя речь», все — 1998). Автор воспоминаний о И. Бродском: «Записки незаговорщика» и «Процесс Иосифа Бродского» (Лондон, 1988).