Окончил университет в Мэдисоне (шт. Висконсин). В 1939 защитил докторскую диссертацию в Гарвардском университете и в течение некоторого времени преподавал там, пока не был призван в морскую артиллерию. Его направили на одно из предприятий фирмы IBM, где Эйкен вместе с тремя другими инженерами, сотрудниками фирмы начал работы по созданию автоматической вычислительной машины на основе описания аналитической машины Бэббиджа.
Первая такая машина «Марк-1» (Mark-1) была представлена Эйкеном и его коллегами в феврале 1944. Машина была построена на электромеханических реле и оперировала десятичными числами, закодированными на перфоленте. Она могла выполнять любую заданную последовательность из четырех арифметических действий (сложение, вычитание, умножение, деление), а также ссылаться на предыдущий результат без вмешательства человека. Машина имела 51 фут (15,3 метра) в длину и 8 футов в высоту (2,4 метра). Вес машины составлял около 35 тонн, длина проводов — свыше 500 миль (800 км), количество соединений — более 3 млн. Машина программировалась при помощи бумажной перфоленты и таким образом могла управляться человеком с минимальной подготовкой. Машина способна была оперировать числами длиной до 23 разрядов. «Марк-1» применялась Военно-морскими силами США для решения различных задач оборонного характера в области артиллерии, баллистики и др.
Продолжив работу, в 1947 Эйкен создал усовершенствованную полностью электрическую модель — «Марк-2». Эйкен был удостоен многих наград США, Франции, Нидерландов, Бельгии и Германии.