После Палестинской войны (1948-1949) Ясир Арафат эмигрировал. В 1956 окончил Каирский университет и одновременно прошел военную подготовку для участия в диверсионной деятельности против израильтян на территории Палестины. В том же году участвовал в составе египетской армии в Суэцком конфликте. В 1957 он основал диверсионную группировку Аль-Фатах, которая с 1959 стала частью ООП. Работая в строительной фирме в Кувейте, Арафат неоднократно осуществлял партизанские рейды на территорию Палестины. В 1964 Аль-Фатах слился с ООП, и Арафат стал одним из самых влиятельных политиков в палестинском освободительном движении, а с 1969 председателем исполкома ООП. В 1970 он стал верховным главнокомандующим вооруженных сил палестинского движения сопротивления.
В 1960-е гг. Арафат пришел к пониманию необходимости создания самостоятельного арабского палестинского государства. В дальнейшем он направил свои усилия на достижение признания ООП как полномочного представителя интересов палестинского народа. С 1974 ООП становится членом Лиги арабских стран. От крайних, непримиримых позиций в противостоянии с Израилем Арафат переходит к более умеренным взглядам на ближневосточную проблему. В 1988 он признал право Израиля на существование, которое прежде категорически отвергалось палестинскими политическими лидерами. Этот шаг открыл возможность достижения мирного соглашения между палестинскими арабами и израильтянами. В 1989 Арафат был провозглашен президентом государства Палестина.
Во время войны в Персидском заливе 1990-91 Арафат поддержал агрессию Саддама Хусейна, что негативно отразилось на международной репутации палестинского лидера, особенно среди нефтедобывающих арабских государств. Тем не менее, при посредничестве США, Арафат пошел на переговоры с Израилем, результатом которых стало подписание в Вашингтоне в сентябре 1993 договора, по которому в секторах Газа и Иерихон вводилось палестинское самоуправление. В мае 1994 израильские войска на этих территориях были заменены на палестинскую полицию, а в июле Арафат торжественно вернулся в Палестину в качестве главы администрации палестинского самоуправления. В том же году Арафат вместе с израильскими руководителями Ицхаком Рабином и Шимоном Пересом был удостоен Нобелевской премии мира. В январе 1996 Арафат был избран исполнительным главой Национального совета Палестины, набрав свыше 88% голосов. В 1999-2001 под патронажем президента США Б. Клинтона проходили мирные переговоры между Э. Бараком, председателем правительства Израиля, и Я. Арафатом, которые закончились безрезультатно. Новый премьер-министр А. Шарон недвусмысленно объявил, что считает Арафата главным виновником интифады и засылки в Израиль террористов-камикадзе. Резиденция Арафата в Рамалле подвергалась в 2002 неоднократной бомбардировке.
28 октября 2004 года было объявлено о серьёзной болезни Ясира Арафата; на следующий день Израиль дал разрешение на вывоз Арафата за границу, и 29 октября Ясир Арафат был помещён в парижский военный госпиталь «Percy de Clamart» с подозрением на отравление либо рак. Ранним утром 11 ноября Арафат был отключён от аппаратуры жизнеобеспечения.