Лето 2005 - Виктору Ющенко приходится урегулировать конфликты между союзниками по "Оранжевой революции" и вмешиваться в экономические решения правительства Тимошенко. Заявленная масштабная деприватизационная кампания оборачивается отменой результатов всего одного приватизационного конкурса - и на этом завершается. Украине не удаётся освободиться от энергозависимости от России. Новые внешнеполитические союзники сами являются потребителями энергоресурсов, а потому не готовы поставлять Украине нефть и газ. Понемногу разгорается конфликт с российским "Газпромом", руководство которого обвиняет Украину в хищениях российского газа из подземных газохранилищ на украинской территории. "Газпром" предупреждает о готовящемся резком повышении цен на газ.
Осень 2005 - Ющенко отправляет в отставку правительство Юлии Тимошенко. Обиженная Юлия уходит в оппозицию президенту. Для того, чтобы обеспечить утверждение кандидатуры Юрия Еханурова на пост премьер-министра, Ющенко приходится заключить соглашение с лидером Партии регионов Виктором Януковичем. Следственные действия по делам "юго-восточных" сепаратистов сворачиваются. Тем временем переговоры с "Газпромом" заходят в тупик. Украина не в состоянии платить по предъявленным счетам, а Россия отказывается продолжать "субсидировать украинскую экономику". В Новый год Украина входит, не подписав контрактов на закупку российского газа.
Зима 2006 - Новый год начинается с международного скандала - Россия обвиняет Украину в несанкционированном отборе российского газа из транзитных газопроводов. Достигнутое в спешном порядке соглашение по газу приводит к скандалу внутри страны. Давние противники и бывшие союзники Ющенко, объединившись в Верховной раде, требуют отставки правительства. Ющенко не уступает давлению.
Весна 2006 - Парламентский кризис постепенно перетекает в предвыборную кампанию и парламентские выборы. Пропрезидентский блок партий приходит лишь третьим и вынужден довольствоваться ролью младшего союзника. Несмотря на это, Ющенко в течение долгих месяцев пытается способствовать возрождению и сплочению "оранжевой коалиции" (БЮТ - НСНУ - СПУ).
Лето 2006 - В самый последний момент СПУ переходит на сторону Партии регионов и КПУ, что приводит к созданию так называемой "антикризисной коалиции". Ющенко долго сопротивляется перед лицом неизбежного и пытается "расширить" правительственную коалицию за счёт "Нашей Украины". Всё, что ему удаётся сделать, - убедить оппонентов подписать "Универсал национального единства", который, по его мысли, заставит правительство продолжить президентскую линию во внешней и внутренней политике. Юлия Тимошенко отказывается ставить свою подпись под документом, который в любом случае все подписавшие читают по-своему.
Осень 2006 - Переговоры о "расширении" правительственной коалиции завершаются провалом. Министры, представляющие НСНУ, уходят из правительства. Виктор Янукович делает заявления о неготовности Украины к вступлению в НАТО и (в декабре 2006) проводит в Верховной раде решение об отставке прозападного главы украинского МИДа Бориса Тарасюка. Януковича с радостью встречают в Кремле и идут ему навстречу в вопросе о цене на газ. Ющенко уступает Януковичу одну позицию за другой. В ситуации, когда правительство, опирающееся на большинство в Верховной раде, начало проводить свою собственную политическую линию, Ющенко принимает ряд кадровых решений, способных, по его мнению, переломить ситуацию и укрепить его позиции. В сентябре он заменяет руководителя своего Секретариата Виктором Балогой, назначает руководителем Совета национальной безопасности и обороны донецкого миллиардера Виталия Гайдука и поручает Арсению Яценюку курировать силовые ведомства.
В октябре Виктор Ющенко принимает участие в III съезде Народного союза "Наша Украина", на котором подвергает руководство партии жёсткой критике за то, что после президентских выборов оно не смогло выработать "чёткую, простую и ясную идею своей деятельности", и предлагает сформировать новые руководящие органы партии. 7 декабря политсовет партии избрал главой НСНУ Виктора Балогу.
12 января 2007 депутаты "антикризисной коалиции" и оппозиционной фракции БЮТ смогли преодолеть вето президента на закон "О Кабинете министров" и приняли в первом чтении закон "О парламентской оппозиции". 11 января президент вернул в парламент принятый 21 декабря 2006 закон "О Кабинете министров", некоторые положения которого, по мнению Виктора Ющенко, "искажают суть и содержание Конституции Украины". Вступление в силу закона "О Кабинете министров" привело к тому, что влияние президента на действия органов исполнительной власти сущестенно уменьшилось. Президент направил представление в Конституционный суд, о неконституционности данного закона, однако суд не вынес своего решения (с момента присяги судей в сентябре 2006 года, КСУ вообще не принял ни одного решения) и на данный момент, закон считается вступившим в силу и действующим.
2 апреля 2007 года, Ющенко своим указом распустил Верховную Раду и назначил новые выборы на 27 мая, что привело к новому обострению затянувшегося политического кризиса. Коалиция в Верховной Раде отказалась признавать законность указа Ющенко, подала в Коституционный суд Украины представление с просьбой рассмотреть вопрос о конституционности данного указа и запретила Кабинету Министров финансировать новые выборы. Опозиционные партии (БЮТ и "Наша Украина") Президента поддержали.
