Выходец из семьи дворян мантии и священнослужителей, Барер изучал право в Тулузском университете и в 1777 году стал судебным чиновником в родном Тарбе. В 1788 году он посетил Париж, где установил контакты со столичными либералами и проникся идеей необходимости созыва Генеральных штатов. В первой половине 1789 года в период избирательной компании в Генеральные штаты он участвовал в составлении «тетрадей жалоб» (наказов депутатам). Осенью 1789 года Барер становится членом Якобинского клуба, а в 1790 году в качестве депутата Учредительного собрания обосновался в Париже, где благодаря своим ораторским способностям приобрел репутацию защитника интересов простого народа. В целом он шел за М. Робеспьером, поддерживал лозунг образования революционного правительства.
В сентябре 1792 года Барер был избран депутатом Конвента. Во время противоборства якобинцев и жирондистов, Барер пытался занять примиренческую и нейтральную позицию, поддерживал то одних, то других. В январе 1793 года он голосовал на казнь короля Людовика XVI Бурбона. Тогда же Барер опубликовал свое обращение к французской нации, в котором доказывал необходимость наступательной войны против европейских монархий.
В апреле 1793 года политическая карьера Барера достигла своего пика — он становится секретарем Комитета общественного спасения. На этом посту он тесно сотрудничал с Ж. Ж. Дантоном и М. Робеспьером, был основным докладчиком от Комитета общественного спасения в Конвенте. Именно по его предложениям были приняты декреты о конфискации имущества эмигрантов, изгнании из Франции членов королевской фамилии, введения всеобщей воинской повинности. Барер добивался сосредоточения в руках Комитета общественного спасения всей полноты исполнительной власти. Он активно поддерживал компанию против «подозрительных», преследования аристократов. Весной 1794 года Барер был назначен курировать вопросы народного образования во Франции.
В дни термидорианского переворота (27-28 июля 1794) он выступил против Робеспьера, но имя Барера было слишком тесно связано с якобинским террором. В 1795 года был отдан приказ об его аресте, но Барер вовремя сбежал из Парижа и скрывался в Бордо. В 1799 году он приветствовал переворот Восемнадцатого брюмера; Наполеон Бонапарт амнистировал Барера и даже пользовался его службой. В период Ста дней Барер был избран депутатом французского парламента. После возвращения к власти Людовика XVIII Бурбона, королевская полиция разыскивала Барера и тому пришлось бежать в Бельгию. Июльская революция 1830 года позволила изгнаннику вернуться на родину, и в 1833 году он был избран в генеральный совет родного департамента Верхние Пиренеи.