Условно, датой рождения Фукидида считается 460 год до н.э. Он происходил из аристократического рода. Его отец – Олор – прямой потомок фракийского царя Олора. Мать и бабка тоже принадлежали к фракийским богачам. Семья владела обширными поместьями и золотыми рудниками во Фракии. О детстве и учебе Фукидида не сохранилось никаких сведений. У древних авторов сохранились сведения о том, как встретился Фукидид с Геродотом. Юный Фукидид присутствовал во время публичного чтения «Истории» Геродота. Юноша не смог удержать слез восхищения. Тогда Геродот послал записку отцу Фукидида, в ней он поздравлял отца с тем, что тот имеет такого стремящегося к знаниям сына. Известно, что Фукидид учился в Афинах. Его наставником был оратор Антифонт. Большое влияние на него также оказал философ Анаксагор.
Фукидид проживал в Афинах как раз в то время, когда разразилась Пелопоннесская война. Фукидид стал свидетелем борьбы двух политических партий. Война разразилась между Спартой и Афинами. Сам Фукидид был сторонником демократии, хотя весьма умеренным. Он был сторонником Перикла. Кстати в «Истории» Фукидида посвящено много строк Периклу. Вскоре из-за войны в Афинах началась чума. Фукидид тоже заболел ею, но отделался весьма легко. Ему удалось избежать ужасных последствий этой болезни. В 424 году до н.э. Фукидида избрали стратегом во главе афинской эскадры. Его послали на побережье Фракии для защиты государства. Однако не сохранилось сведений о том, где Фукидид научился военному искусству. Навряд афиняне выбрали бы стратегом того кто незнаком с военным мастерством. На восьмой год войны спартанский полководец Брасид решил нанести удар по северной части государства противника. Он и его войска подошли к Амфиполю. Афиняне послали письмо о помощи к Фукидиду. Тот помчался в Амфиполь, но опоздал. Его войска прибыли туда, когда город захватил Брасид. О своей неудачи Фукидид рассказывает коротко в четвертой книги «Истории». Он не пытается оправдать себя в книге. Некоторые современные историки обвиняют его в медлительности, другие - в измене, а есть и те, кто считает, что он стал жертвой заговора. Афиняне считали его во всем виновным. Его приговорили к пожизненному заключению.
Фукидид осел во Фракии в своем поместье. Он двадцать лет пробыл вдали от родины и собирал материалы для своей книги. «История» состоит из восьми книг. Труд его остался незаконченным, но это не мешает «Истории» быть полноценным произведением. В 404 году до н.э. Афины заключили мир со Спартой. Одним из условий мира было возвращение всех изгнанников на родину. Однако амнистия и прощение не коснулись Фукидида. Для его возвращения требовалось специальное постановление. В Афины Фукидид попал только в 400 году до н.д.
Как и многие другие биографические сведения, время, причина и место смерти Фукидида неизвестны. Одни считают, что его убили во время его возвращения в Афины, Плутарх считает, что он умер во Фракии. Захоронен же Фукидид в усыпальнице рода Кимона в Афинах. «Историю» Фукидида издали уже после его смерти.