Эдуард родился в Лондоне. Его отец торговал шерстью. Семья переехала в Прагу в 1834 году. В шестиклассную гимназию Эдуард поступил в 1840 году, а уже в 1845 его семья опять переехала. На этот раз в Вену. Эдуард увлекался геологией еще в юности. В 19 лет он опубликовал свою первую работу. По желанию отца Эдуард поступает в Венский политехникум. Кстати, этот политехникум был одним из лучших в Европе. Зюсса избрали в студенческий комитет Вены, так как он активно участвовал в революционном движении студентов. В 1848 году Эдуард принимал активное участие в революционных боях. Он даже получил ранение в ногу. В октябре этого же года Зюсс перебирается в Прагу. Там он знакомится со многими экспонатами Богемского музея. Через год Эдуард снова возвращается в Вену и продолжает обучение в политехникуме.
Его увлечение геологией становится все сильнее. Он прочесывает окрестности Вены в поисках разных окаменелостей и обнаруживает, что они отличаются от тех, что он видел в музее в Праге. Начиная с 1851 года, Зюсс работает в Геологическом комитете и придворном музее. Через год Зюсс получает должность ассистента при музее. В 29 лет Эдуард уже был членом-корреспондентом венской Академии наук. В 36 лет стал действительным членом Академии. В 1875 году Зюсс публикует научную работу «Происхождение Альп». В этом же году он предлагает ввести в науку такой термин, как «биосфера».
Главным и основным трудом Зюсса была работа «Лик Земли». Именно эта работа оказала большое влияние на развитие геологии в целом. Эдуард дал полную и точную картину строения земной коры. В своей работе он наметил путь развития геологии на следующие несколько лет. Зюсса избрали членом Шведской Королевской Академии наук в 1895 году, в 1903 году он получил медаль Копли. В 1890 году Зюсс занимает пост вице-президента академии наук Вены, в 1898 году становится ее президентом. Отдает этот пост уже, когда ему стукнуло 80 лет. Однако и в таком возрасте ученый находит в себе силы и принимает активное участие в деятельности академии.
Всю свою жизнь Эдуард Зюсс не только писал научные работы, он боролся с наводнениями, устраивал горно-шахтные сооружения, боролся с истощением минеральных источников и сооружал водопровод в Вене. Ученый умер в августе 1914 года.