Родился на юго-западе Испании. Его отец был мелким дворянином. Какое-то время Эрнан был студентом. Он старательно изучал право и новости экономики, но в 19 лет отправился в Новый Свет, в надежде на то, что найдет там богатство и славу. В 1511 году он уже был землевладельцем на карибском острове Испаньола. В этом году его пригласили принять участие в экспедиции по завоеванию Кубы. После успеха этой экспедиции он стал мэром Сантьяго и заодно взял себе в жены сестру де Веласкеса, организатора экспедиции.
В 1518 году де Веласкес позволил Кортесу и небольшому отряду отправиться исследовать Мексику, в который испанцы побывали лишь год назад. Де Веласкес сильно пожалел о решении, которое дал. Он попытался что-то изменить, но было слишком поздно. В 1519 году отряд Эрнана отплыл в путешествие. Флотилия в 11 кораблей изучила Юкатанское побережье, а после этого Эрнан высадился в Табаско. Там он без труда подчинил местных. Они ему рассказали о богатом царстве – царстве Ацтеков. Испанец направился на север. Он готовился к походу на эту сказочно богатую империю. Многие из его подчиненных боялись идти вглубь материка, но Эрнан сжег корабли, а потому, пути для отступления не было. По пути в столицу Ацтеков Эрнан покорил еще несколько племен. Он заключал союзы с бывшими врагами, чтобы те обеспечили ему поддержку в борьбе с ацтеками. И вот они достигли Теночтитлана – столицы ацтеков. Тогда верховным жрецом был Монтесума. Он пытался помешать испанцам, но тщетно. Кортес быстро разобрался с войском ацтеков и взял в плен Монтесуму.
Только было Кортес начал забирать сокровища у ацтеков, как ему сообщили, что в Веракрусе, в порту, который основал Кортес, высадился с испанским войском Панфило де Нарваэса. Он получил разрешение у де Веласкеса на арест Эрнана. Он оставил в Теночтитлане две сотни воинов под командованием Педро де Альварадо, а сам отправился разбираться с Нарваэса. Он воспользовался покровом ночи и захватил его в плен. Остальных солдат убедил перейти на свою сторону. Возвратившись в столицу ацтеков, он столкнулся с волной возмущения аборигенов, касательно жестокости Альварадо. В 1520 году началось восстание. Монтесума погиб в схватке, а испанцы покинули город. Только через год Эрнан заключил союз с индейцами и начал отвоевывать столицу древней цивилизации. В 1521 году он снова вступил в город. Он переименовал город в Мехико. Большую часть построек ацтеков он уничтожил или переделал. Награбленные сокровища он отправил в Испанию. Король, понятное дело, принял эти дары и объяснения Эрнана, а потому назначил его генералом-капитаном, а также губернатором Новой Испании. Колонисты приезжали из Испании в Новый Свет, а Эрнан давал им земли.
В 1524 году он отправился в экспедицию в Гондурас. Однако при дворе короля были люди, которые боялись его амбиций, а потому король велел ему вернуться на родину и лишил его губернаторства в 1528 году. Он вернулся в Мехико через два года без прежних полномочий. В 1536 году он стал командовать экспедицией, которая исследовала тихоокеанское мексиканское побережье. Через три года Эрнан просил короля о праве возглавить экспедицию для поисков семи легендарных городов Сиболы. Король отклонил эту просьбу, и Кортес вернулся в Испанию. До конца своих дней он жил в своем поместье в Севилье. Умер в 1547 году.