Родился Джон в штате Массачусетс. Его отец умер очень рано, а потому воспитанием Джона занимался его дядя. Дядя Джона был один из самых богатых купцов Бостона, был также книготорговцем и книгоиздателем. Джон был отправлен на обучении в Гарвард. Он окончил университет в 1754 году. В Англии он стал изучать морскую британскую торговлю. В Бостон к дяде он вернулся в 1761 году. Он стал его партнером по торговой фирме.
Дядя умер, и Джон в свои 27 лет стал главой самого крупного и доходного торгового дома в Бостоне. Однако при юном хозяине дела пошли посредственно. Фирма потеряла конкурентоспособность. Это также было вызвано тем, что обострялось противоречие между Англией и ее колониями. Джон винил во всех неудачах фирмы английские законы. В 1768 году он примкнул к стану борцов за независимость. Случилось это отчасти потому, что один из кораблей пришел в порт с грузом вина. Часть товара была украдена, и незаконно продавалась на берегу. Англичане хотели пресечь подобного рода деятельность, а потому задержали корабль. К счастью, Джон избежал наказания. Он выиграл дело и с него сняли все обвинения. Так и оказался Джон среди революционеров.
Хэнкок стал активным политиком в Бостоне. Он был сначала председателем провинциального Конгресса, а вскоре и Континентального Конгресса. Джон имел гипертрофированное самомнение и верил, что его назначат главнокомандующим Континентальными Вооруженными силами. Понятное дело, он был не ровня Джорджу Вашингтону, который и получил этот пост. Хэнкок был сильно огорчен, а в 1777 году подал в отставку. С военной карьерой у него тоже не сложилось. В 1778 он командовал массачусетским ополчением в ходе неудачного наступления на войска Англии. Однако стоит отметить, что в родном штате он был невероятно популярен. Девять раз он становился губернатором. Играл он важную роль в работе съезда, который утвердил Конституцию США. Часто, когда политическая и экономическая ситуация в штате была сложной Хэнкок жаловался на здоровье и подагру. В 1785 году в штате начались беспорядки и у Джона «сильно обострилась болезнь». Он ушел с поста губернатора. Мятеж подавили и без него, и он чудесным образом исцелился. Принял участие в выборах и опять стал губернатором. Несмотря на то, что у него было полно неудач, он умер богатым землевладельцем. Его состояние равнялось примерно 350 тысячам долларов.