Родился в небольшом городке под названием Монтилья. В юности он работал пажом при дворе. Участвовал в качестве младшего командира в сражениях с маврами. Он накопил за эти годы много полезных знаний, получил опыт. Он сам вел в атаку солдат в битве при Монтефрио. В 1495 году он повел войско в Италию на помощь королю Неаполитании по приказу королевы. Однако он потерпел поражение в битве при Семинара. После этого события он начал жесткую систему обучения, реорганизовал армию. Он избегал крупных битв, вел партизанскую войну. В 1498 году он вернулся итальянцам захваченные французами земли.
Фернандес вернулся в Испанию и опять занялся улучшением армии. В 1503 году он опять отправился в Италию. Надо было снова противостоять французам. Кордова выигрывал одну битву за другой. Он взял Неаполь и заставил французов отступить. В 1504 году он взял Гаэту. Вскоре французы заключили мир и отказались от Неаполя. Надо отметить, что для Кордовы эта война была последней. Из-за политических перемен на родине его карьера блестящего полководца закончилась. Новый король Испании боялся Гонсало, ибо тот пользовался популярностью и был талантливым полководцем. Король отозвал его обратно на родину и отстранил от командования войсками. Кордова хранил верность Испанской короне, а потому ушел в отставку. Он отправился в свое поместье в Гранаде. В 62 года он скончался от малярии, которую подцепил еще в Италии.
Кордова был первым полководцем, который смог эффективно использовать в бою огнестрельное оружие. Кордова сыграл ключевую роль в переходе от средневековых методов войны с холодным оружием к применению огнестрельного оружия. Он совершил самый настоящий переворот в военном деле.