Родился Иосиф приблизительно в 37 году. Он по отцу принадлежал знатному роду священников, а его мать была из царской семьи. Иосиф получил прекрасное образование. Он примкнул к фарисеям в 19 лет, а в 26 лет он поехал в Рим как защитник нескольких знатных евреев, которых обвинял прокурор, и которых отправили в цепях в Рим. Иосиф добился освобождения евреев, познакомившись через друга с женой царя и убедив ее помиловать их. Кроме того, Иосиф был поражен мощью и культурой Рима. Вернувшись в родной Иерусалим, где готовилось восстание, он понял, что добром это не закончится, а потому примкнул к миролюбивым фарисеям. Однако вскоре ему поручили оборонять Галилею. Крепость он уберечь не смог. Галилею взяли, но Иосиф и еще сорок воинов спаслись. Убежище, в котором они прятались, было открытым, римляне просили сдаться евреев и обещали, что не тронут их. Иосиф согласился, но вот на свою сторону склонить товарищей ему не удавалось. Они грозились убить его за измену. Тогда Иосиф предложил тянуть жребий и убивать всех таким образом. Чудом или нет, но он и еще один его товарищ остался жив, и они перешли на сторону римлян.
Иосифа доставили в лагерь к Веспасиану. Иосиф пророчил ему императорскую власть. Сначала Веспасиан не верил ему, но когда узнал о смерти Нерона и Гальбы и о борьбе между Отоном и Вителлием, поверил Иосифу и осыпал его дарами. Иосиф хотел спасти свою жизнь, а потому предложил ему свою помощь. Отправляясь в Рим, Веспасиан оставил Иосифа в свите своего сына Тита в качестве переводчика и дал ему свободу. С того времени Иосиф стал носить фамильное имя своего господина — «Флавий». Иосиф пару раз был парламентером во время осады Иерусалима. В 70 году город взяли, а Тит, по просьбе Иосифа освободил людей, спрятавшихся в Храме, а также отдал ему священные книги.
Иосиф Флавий остаток своих дней провел при дворе императора. Веспасиан возвёл его в звание римского гражданина, дал ему обширные земли и поместья в Иудее, а также дал помещение в своем дворце в Риме. Однако точный год смерти Иосифа неизвестен. Быть может, он умер приблизительно в сотом году. Известно, что проживая при дворе императора, Иосиф занялся литературным творчеством. Первой его книгой была «Иудейская война». Позже он пишет «Автобиографию», а потом он пишет «Иудейские древности». Этот труд, охватывает историю всей еврейской древности. Историческое значение трудов Флавия огромное, ибо эта книга почти единственный источник истории еврейского народа эпохи Маккавея и до завоевания Иерусалима Римом.