Франсиско был сыном военного. Еще в юности он поступил на военную службу. Сведений о том, какие образование он получил – нет. Прибыв на Испаньолу, он начал служить в военном отряде губернатора. В 1513 году Франсиско принял участие в экспедиции в Панаму, в ходе которой был открыт Тихий океан. Франсиско жил в Панаме с 1519 по 1523 гг. Он был колонистом, магистратом и мэром города Панама. Он смог сколотить себе небольшое состояние, но ему не давали покоя рассказы о невиданных сокровищах, которые добыл в Мексике Кортес. Это побудило Франсиско отправиться на поиски сокровищ.
Писарро совершил две экспедиции вдоль тихоокеанского побережья Колумбии. Первая экспедиция была в 1524-25 гг., а вторая в 1526-28 гг. Когда подходила к концу вторая экспедиция, Франсиско послал гонца в Панаму. Он должен был попросить губернатора прислать подкрепление. Однако губернатор отказал. Тогда Писарро сказал, что те, кто хочет идти с ним на поиски сокровищ индейцев, должны сделать шаг вперед. Двенадцать авантюристов примкнуло к нему, а остальные вернулись в Панаму.
Франсиско и его команда нашли цивилизацию инков. В Панаму они вернулись с золотом, несколькими пленными индейцами и ламами. Несмотря на это губернатор отказался спонсировать такие дорогие экспедиции. Тогда Франсиско отправился в Испанию, где договорился с королем Карлом V насчет финансирования завоевательного похода. Писарро вернулся в Панаму в чину генерал-капитана. У него был герб и право на губернаторство над всеми землями на шесть сотен миль к югу от Панамы.
Писарро отправляется в Перу в 1531 году. Он берет с собой две сотни солдат и шесть сотен лошадей. Солдаты были вооружены копьями и мечами. У нескольких бойцов были арбалеты и аркебузы. В 1532 году Писарро построил базу в Сан Мигель де Пиура. Эта база была к югу от Тумбес, где собиралась тридцатитысячная армия инков. Писарро и его сторонники перебрались через Анды. Они заняли Кахамарку и пригласили вождя инков на переговоры. Тот не очень боялся испанцев и пришел лишь с несколькими телохранителями. Франсиско не стал вести переговоры. Он приказал напасть на инков. С помощью конной атаки и ружей испанцы за полчаса перебили инков, а вождя захватили в плен. Писарро потребовал денег от вождя. Золота и серебра ему выделили очень много. Однако Франсиско не отпустил вождя инков. Он убил его, а на трон поставил марионеточного вождя.
Очень скоро Франсиско без проблем прибыл в столицу инков. Великая империя индейцев уже никогда не станет прежней. Испанские завоеватели сильно обогатились в результате побед. Писарро смог покорить большую часть современного Перу, Эквадора, северную часть Чили, и кусочек Боливии. На этом завоеванном куске земли жило около 6 миллионов коренного населения Южной Америки. После своих побед генерал-капитан вернулся к побережью, где построил город-порт, получивший название Лима. В этом городе Франсиско и погиб. Его убили вовсе не индейцы, а собственные люди. Один из его бывших сторонников поднял бунт. Он заявил, что его обошли стороной, при дележе сокровищ инков. Писарро убил этого человека. Однако сторонники убитого Дьего де Альмагро ворвались в Лиму в 1541 году и убили конкистадора. Благодаря свершениям жестокого, дерзкого и вероломного Франсиско в Южной Америке было установлено господство Испании на три века.