Пьер был сыном обеспеченного чиновника военного министра. Отец готовил его к карьере юриста. В 1877 году он не только учился на юридическом факультете Сорбонны, но и начал заниматься живописью. Сначала он рисовал в Академии Жюлиана, где познакомился с Дени, Серюзье, Рансоном, а позже к ним, уже основавшим группу Наби, присоединился Валлоттон. В 1888 году он бросил обучение в университете и пошел в Академию Изящных искусств.
Раннее творчество Боннара весьма разнообразно: он создавал эскизы мебели, афиши, рисунки для тканей, расписывал ширмы и театральные декорации. Среди товарищей Боннара называли «Наби японствующий». Дело в том, что на Боннара сильно влияла японская гравюра. В 1891 году он Дени, Вюйар сняли мастерскую, а весной того же года он дебютировал в Салоне Независимых. Там он выставлялся на протяжении многих лет. Осенью 1891 года он участвовал в первой групповой выставке Наби. В этот период он создал много работ для театра, а первый шумный успех ему принесла афиша шампанского. В 1892 году он обратился к литографии. Его работы даже заметили видные критики. Боннар прекрасно владел техникой литографии, эффектно в этой технике он использовал язык форм, цвета и линий.
В 1890-е годы несколько альбомов Боннара с цветными эскизами были изданы Волларом. Среди альбомов пользовался особой популярностью «Несколько аспектов парижской жизни». В 1902 году вышла в свет проиллюстрированная Боннаром книга «Дафнис и Хлоя». В книге было 156 литографий художника. В 1896 году состоялась персональная выставка Боннара. С 1906 года его произведения демонстрировались в Галерее Бернхайм.
Ранние живописные полотна Боннара отражают влияние Гогена, Мане, Ренуара. Однако со временем живопись Боннара стала более мягкой и построенной на тонких отношениях в красочной гамме. В 1910-е годы Боннар активно занимался росписью интерьеров. Из его декоративных работ наиболее известны панно в доме Мизии Годебской в Париже и триптих «У Средиземного моря». Современники отдавали должное таланту художника. Его называли «самым живописным живописцем». В конце своей жизни он опять обратился в картинах к насыщенным цветовым сочетаниям. В 1945 году он последний раз посетил Париж, где проходила ретроспективная выставка его произведений. В Канее Боннар скончался в 1947 году, немного не дожив до 80 лет.