Он родился в Кюзизо. Отцом будущего художника был капитан в отставке. В 1878 году семья переехала в Париж. В Кондорском лицее Жан познакомился с будущими единомышленниками, Дени, Люнье-По, Руселем. Под влиянием одного из товарищей он отказался от карьеры военного. Он поступил в школу Изящных искусств.
В 1888 году он стал членом группы Наби. Вместе они показывали свои работы в Галерее Лебарка де Бутвиля. В 1889 году он дебютировал в парижском Салоне. Персональная выставка работ Вюйара состоялась в 1891 году в редакции одного журнала, редактор которого был хорошим другом Вюйара.
Очень много работ художника выполнено в жанре декоративной живописи. Первые панно он начал создавать в 1892 году. Через год он примкнул к Театру творчества, эту организацию символистов возглавлял один из его хороших знакомых. Вюйар работал над декорациями и участвовал в постановке мизансцен. Одной из самых ярких работ того времени считается серия панно с изображением парижских парков.
Вместе со своим другом Боннаром Вюйар переболел японской графикой. Возможно, именно благодаря этому Жан приобрел известность как мастер неожиданных цветовых созвучий, обладающий редкой способностью передавать атмосферу и таинственное обаяние повседневной жизни. В раннем творчестве художника также одно из главных мест занимает литография. В графике он обращается к тем же темам: интерьеры, пригороды парков, пригородные ландшафты. На Вюйара несколько лет влиял неоимпрессионизм. Однако это течение мало интересовало художника. Как и все члены группы Наби, в своем творчестве Жан не избежал влияния импрессионизма. С годами живопись Вюйра становилась все более декоративной. В его работах четко виден лаконизм и изысканная декоративность. Бросается в глаза также его духовная близость с художником Боннаром.
В художественной жизни Вюйар участвовал активно. В 1901 году он дебютировал в Салоне Независимых. Через два года он принял участие в Осеннем Салоне, а позже он стал его учредителем. В 1906 году он какое-то время преподавал в Академии Рансона. Его работы регулярно выставлялись в галерее Бернхайма. В 1913 году он и Боннар съездили в Гамбург и Берлин. Последние годы жизни Вюйар отдал монументальной живописи. Он, Дени и Руссель работали над росписями в Дворце наций в Женеве. Вместе с Боннаром он расписал Дворец Шайо в Париже. В 1938 году в Париже прошла ретроспективная выставка работ Жана Вюйара. Скончался же художник-символист в 1940 году.