Японские исследователи сходятся на мысли, что будущая писательница родилась примерно в 966 году. Стоит отметить, что вся биография Сэй-Сёнагон строится на разнообразных догадках, гипотезах, неподтвержденных сведениях и даже женское детективное агентство тут не в силах помочь.
Писательница происходила из семьи Киёвара, но в документах ее имя не указывается, так как тогда в них вписывали лишь имена сыновей. Сэй-Сёнгон – дворцовое прозвище писательницы. В ее семье жили литературными интересами, любили музыку. Отец и прадед Сэй-Сенагон были известными японскими поэтами. От девушки в семье многого ждали. Она разучивала священные книги, училась сочинять пятистишья – танка. В возрасте 16-ти лет ее выдали замуж за чиновника невысокого ранга. Однако брак оказался недолгим. От этих отношений у писательницы остался ребенок. Позже Сэй-Сенагон была замужем за Фудзиварой Мунэё. К тому моменту, когда она пошла на службу в императорский дворец, она была в разводе. Бытует мнение, что писательница была замужем и третий раз.
В возрасте двадцати семи лет она поступила на придворную службу, в свиту Садако, тогдашней императрицы. Садако является центральным персонажем в произведении Сэй-Сенагон – «Записках у изголовья». Проблемы у писательницы-фрейлины начались тогда, когда Садако впала в немилость при дворе. Ее отец скончался и его брат, один из регентов, сделал свою дочку второй императрицей. Садако же постриглась в монахини, потом согрел ее дворец. О судьбе императрицы Сэй-Сенагон говорит очень много. Вскоре писательницу обвинили в сговоре с новым канцлером и говорили, что ей пора бы уйти из дворца. В 1000 году Садако умерла во время родов. Это послужило поводом ухода со службы для Сэй-Сенагон.
О позднем периоде жизни писательницы известно мало что. Два ее брата трагически погибли, но от второго брака вроде бы была дочь Кома, которая стала в будущем великой поэтессой. В своих «Записках у изголовья» Сэй-Сенагон много что говорит о себе. Например то, что она была далеко не красавицей, зато не была лишена чувства юмора. Она была колючей, честолюбивой и ироничной. Вероятно, поэтому у нее были враги во дворце. Она очень любила детей, стремилась создавать свою судьбу. Это женщина хотела казаться той, кем не являлась – знатной придворной дамой.
Точное место захоронения писательницы неизвестно. В разных районах Японии есть несколько мест, где предположительно покоится Сэй-Сенагон. Мир увидел ее произведение благодаря счастливой случайности, когда один из ее знакомых забрал циновку, а вместе с ней и рукописи. С тех пор ее работа распространилась. Есть несколько вариантов «Записок у изголовья». Сейчас считается лучшим тот, что был опубликован вместе с комментариями еще в 1674 году.