Родился японец 14 декабря 1883 года в самурайской семье. Его родной город – Танабэ, что в префектуре Вакаяма. В детстве он был весьма болезненным ребенком, был физически слабым. Он довольно рано начал интересоваться учениями эзотерической буддистской секты сингон, к которой принадлежали его родители. Со временем Морихэй сделался более крепким, так как регулярно занимался физическими упражнениями. Окончив школу, он опробовал несколько занятий, а затем поехал в Токио, где в 1901 году открыл магазин канцелярских товаров. Однако хватки в бизнесе у него не было, поэтому быстро вернулся в Танабэ, где начал заниматься боевыми искусствами у мастера Тодзавы Токусабуро, после он начал изучать принципы школы боевых искусств ягю-синкагэ.
В 1903 году Морихэй женился, примерно в это же время его призвали в армию. Сначала его сочли непригодным для активной службы ввиду низкого роста, поэтому его отправили в резерв в Осаку. В 1904 году его послали в Маньчжурию. Вернувшись на родину, он продолжил изучать боевые искусства, и уже в 1908 году он получил сертификат, который давал ему возможность преподавать. Уэсиба сразу же открыл додзе(тренировочный зал) в Танабэ. В 1912 году Морихэй и сорок четыре его товарища направились на север острова Хоккайдо, где основали деревню Сиратаки. Уэсиба много работал фермером, плотником, продолжал изучать боевые искусства. В 1915 году судьба свела его с мастером меча Такэдой Сокаку, который руководил школой дайто-рю айки-дзюцу. Такэда взял Морихэя в ученики и вручил ему диплом мастера дзю-дзюцу уже в 1916 году.
В 1919 году Уэсиба решил, что научился у Такэды тому, что он так усердно искал. Он уехал из Сиратаки в городок Аябэ, что около Токио. Там Уэсиба сделался учеником просветленного Дэгути Васинабуро, который основал политически-ориентированную религиозную секту омото-кё. Морихэй предался мистицизму и углубился в изучение трудов Дэгути. Васинабуро попросил его открыть додзё, чтобы тренировать миротворцев. Затем Морихэй поехал за Васинабуро в Монголию, где поучаствовал в политических приключениях. Вернувшись в Аябэ, Уэсиба, если верить преданию, получил видение, в котором осознал свою тождественность во Вселенной. Он улучшал свою технику боевых искусств, в 1925 – 1926 гг. демонстрировал ее высшему офицерству Японии. Мастер обосновался в Токио, где открыл додзе, в котором обучал принципам разработанной им системы боя без оружия. В основном это была оборонительная система. Кроме того Уэсиба преподавал в военно-морской академии Тоямы, военно-полицейской академии и военном колледже. Он также изучал кэндо, но связь с сектой омото-кё усложняла его карьеру. В 1942 году Уэсиба удалился от общественной жизни. Додзе начал управлять его сын, а Морихэй поселился на ферме в Аябэ. Там он создал храм, посвященный Айки и «сорока двум охраняющим божествам Вселенной». Он продолжал совершенствоваться в айки-до(так мастер назвал придуманную им систему приемов). Искусство айки-до расцветало уже много лет, но по-настоящему известным во всем мире это название стало не раньше 1938 года.
В 1948 году министр образования Японии позволил Уэсибе вновь открыть додзе. Так как во время оккупации были запрещены тренировки по боевым искусствам. К сожалению, после Второй мировой войны большая часть боевых искусств пришла в упадок, но образцовое учение Морихэя Уэсибы привлекало к себе немало людей. В 1956 году ученики Уэсибы провели публичную демонстрацию айки-до. В 1964 году мастера наградил сам император, а в 1967 году японец открыл новое додзе. Когда Морихэй узнал, что болен раком печени, то окончательно переехал в Аябэ, где тихо отошел в мир иной 26 апреля 1969 года в расцвете своей всемирной славы. Его сын стал преемником в качестве главы общества Айкикай.