Актриса выросла в сельской местности Оксфордшир, и, как уже упоминалось ранее, ее интерес к актерской деятельности начал проявляться в раннем возрасте. Этот интерес зародился, когда ее мать взяла ее на съемки одного из классических музыкальных шоу, где ее отец работал звукорежиссером. Сопровождение отца при следующих поездках в театр лишь усугубили ее восхищение театром.
Кларк получила образование в колледжах Святого Антония и Святого Эдвардса в Оксфорде. Во время своего обучения она появилась в постановках «Вестсайдская история» и «Двенадцатая ночь». В дополнение к своей любви к театральному искусству, она также учится петь и играть на гитаре. После окончания средней школы, она была принята в уважаемый драматический центр Лондона — «Central Saint Martins», в котором обучались такие известные актеры, как: Майкл Фассбендер, Колин Ферт и Том Харди и другие не менее известные выпускники. Не останавливаясь в своих стремлениях стать актрисой, Кларк появляется в многочисленных постановках в школе. После окончания университета в драматическом центре Лондона в 2009 году, Эмилия Кларк приступила к работе по созданию своей актерской карьеры, получив свою первую телевизионную роль в драматических сериях фильма «Врачи», а также появилась в нескольких рекламных роликах. Более значительную роль она получила в следующем году, в научно-фантастическом фильме ужасов «Атака из Триасового периода» (2010), подготовленном для телевидения. Но, несмотря на это, в начале своей работы на телевидении Кларк иногда едва сводила концы с концами. Важный переломный момент, наконец, наступил, когда она получила звонок от ее агента с предложением о том, что она могла бы сняться в новой серии «Игры престолов». Кларк немедленно позвонила в компанию обслуживания, где она планировала работать, и после успешного прослушивания получила такую важную в ее жизни роль Дайенерис Таргариен, королевы и матери драконов. Первоначально эта роль предназначалась Тамзин Мерчант. На основе серии романов Джорджа Мартина, сериал «Игра престолов» стал непосредственным хитом и успешно работает в течение пяти сезонов до сегодняшнего дня. Его команда зарабатывает множество наград. За свою роль в этой картине, Эмилия Кларк получила несколько наград Эмми и несколько номинаций в Гильдии Актеров, а в 2011 выиграла премию Энтертейнмент Уикли.
Обретенная слава Кларк быстро привела ее к другим проектам, в том числе к главной роли в 2012 году в музыкальной драме «Спайк Айленд». В 2013 году она впервые появилась на Бродвее как Холли Голайтли в спектакле «Завтрак у Тиффани» Трумена Капоте и снялась с Джудом Лоу в британской комедии «Дом Хемингуэй».
Эмилия Кларк отказалась от роли в фильме «50 Оттенков серого», потому что в этом фильме, надо сниматься обнаженной, что она уже сделала в «Игре престолов» и в своем бродвейском дебюте. Два новых фильма и шестой сезон «Игры престолов» будут выпущены в 2016 году.
Часто предметом различных светских хроник и таблоидов, была романтическая связь Эмилия Кларк с Сетом Макфарлейном, с которым она встречалась нескольких месяцев. Ходили также слухи, что она имела связи с актерами Кори Майклом Смитом, Джеймсом Франко и, совсем недавно, Джаем Кортни.