Прима-балерина родилась 18 мая 1919 года в Рейгейте, графство Суррей. Она получила при рождении имя Маргарет Хукем. Ее отец был британцем, а мать имела ирландские и бразильские корни. Также у Марго Фонтейн был брат. Мать записала Марго на балет, когда ей было четыре года. Несколько лет спустя Фонтейн переехала в Китай со своими родителями после того, как ее отец устроился на работу в табачную компанию. В Китае девушка занималась балетом с русским эмигрантом Георгием Гончаровым. Обладая значительным потенциалом как будущая балерина, она вернулась в Лондон, когда ей было 14 лет, чтобы продолжить карьеру в этом направлении. Она тренировалась с Серафиной Астафьевой и поступила в балетную школу «Сэдлерс Уэллс». В 1933 году Марго присоединилась к школе балета «Вик-Уэллс», которая была предшественницей сегодняшней Королевской балетной школы. Там девушка обучалась под руководством великих учителей балета, что привело к ее развитию как искусной балерины. Она взяла себе сценическое имя Марго Фонтейн и приступила к профессиональной балетной карьере.
Изящная танцовщица, влюбленная в искусство, Марго Фонтейн быстро поднялась по карьерной лестнице в Королевском балете. В 1930-х годах она исполняла ведущие роли в таких балетах, как: «Жизель», «Лебединое озеро» и «Спящая красавица». Вскоре девушка стала прима-балериной. Она смогла наладить хорошее профессиональное сотрудничество с хореографом Фредериком Аштоном, став его музой. Он создавал для нее ведущие роли, которые были довольно сложными для исполнения. Балерина прилагала максимум усилий в работе с партнером. В течение 1940-х годов она сформировала очень успешную профессиональную пару с Робертом Хелпманном, дуэт часто выступал и много путешествовал в течение нескольких лет. Ее успешная карьера продолжилась в течение 1950-х годов. В 1954 году Фонтейн стала президентом Королевской академии танцев. В начале 40-х годов Марго впервые выступила с Рудольфом Нуреевым, мужчиной, который был намного младше балерины. Это художественное сотрудничество окажется самым славным в ее карьере, а также приведет к крепкой дружбе. Они выступили вместе в «Жизели» в 1962 году, тогда ей было 42 года, а ему было 24.
В конце 1930-х - начале 1940-х годов у балерины были длительные отношения с композитором Константом Ламбертом. В 1955 году она вышла замуж за Роберто Ариаса, дипломата из Панамы. Первые годы их брака были довольно трудными из-за неверности мужа, однако в более поздний период они стали значительно ближе друг другу. Ее муж был ранен в 1964 году по политическим мотивам, после чего стал инвалидом на всю оставшуюся жизнь. В 1989 году у Фонтейн был диагностирован рак, она умерла 21 февраля 1991 года в возрасте 71 год.