Мануэла Саэнс родилась 27 декабря 1797 года в Кито (в настоящее время — Эквадор). В то время город принадлежал вице-королевству Новая Гранада. Девушка была незаконнорожденным ребенком дворянина из Испании, Симона Саэнса Вергара. В раннем детстве Мануэла жила с отцом. Она училась в монастыре Святой Каталины, где получила базовое образование. Саэнс перестала посещать школу, когда ей было 17 лет. Это произошло из-за ее связей с армейским офицером. В 1817 году отец Мануэлы устроил ее свадьбу с Джеймсом Торном, англичанином, который был успешным торговцем. Они жили в Лиме, Перу, и вели динамичную социальную жизнь. Многие известные политики и военные приглашали их семью в качестве гостей на общественные собрания.
После того как несколько политиков и военных посетили дом Мануэлы, девушка узнала о революции в связи с освобождением Новой Гранады. В 1820 году она присоединилась к секретному движению и была впечатлена действиями Симона Боливара в Новой Гранаде. Мануэла Саэнс рассталась со своим мужем Джеймсом Торном в 1822 году и переехала в Кито, чтобы быть рядом с Симоном Боливаром. Пара обменялась письмами и у них сразу завязались романтические отношения. Мануэла стала главным союзником в революционных делах Боливара и помогала ему всеми возможными способами. Вместе они отправились в Лиму и жили там в течение года (1825). Однако Боливар должен был переехать из-за своей приверженности революции. Саэнс, в конечном счете, переместилась в Боготу вместе с ним, а через несколько лет спасла его от убийства. В 1830 году Симон Боливар умер, и Мануэла Саэнс осталась одна. Франсиско де Паула Сантандер взял на себя ответственность за страну после смерти Боливара и отправил Мануэлу на Ямайку в изгнание. Через пять лет она попыталась вернуться в Эквадор, но ее паспорт был отозван. Вместо этого бывшая революционерка поселилась в небольшом городке Пайта в северной части Перу. Последние годы ее жизни были несчастными, поскольку у нее было очень мало средств для существования. Она жила за счет того, что продавала табак и переводила письма для людей. Ей даже было отказано в наследстве, на которое Мануэла имела право после смерти ее мужа Джеймса Торна. Мануэла Саэнс была неотъемлемой частью борьбы за освобождение Новой Гранады под руководством Симона Боливара и сыграла ключевую роль в этом движении. Благодаря ее заслугам, а также за то, что она была одной из немногих женщин, которые были вовлечены в революцию, Мануэлу Саэнс наградили Орденом Солнца.
Как уже говорилось ранее, первым мужем великой революционерки был Джеймс Торн, богатый торговец, имеющий английское происхождение, они заключили брачный союз в 1817 году. Но Мануэла оставила его спустя пять лет, у них не было детей. Саэнс также имела романтические отношения с Симоном Боливаром с 1822 года до самой его смерти в 1830 году. У них также не было детей. Сама Мануэла Саэнс умерла 23 ноября 1856 года из-за дифтерии в городе Пайта, Перу.