Лили Эльбе родилась 28 декабря 1882 года в небольшом фьордовом городке Вайле, Дания. Он воспитывался как ребенок мужского пола и получил при рождении имя Эйнар Магнус Андреас Вегенер. Позже стал студентом Королевской датской академии художеств в Копенгагене. Окончив это учебное заведение, Вегенер и его жена Герда Готлиб работали в одной сфере деятельности. В то время как Эйнар был экспертом в пейзажной живописи, его жена рисовала эскизы для книг и журналов мод. Желание стать женщиной возникло случайно. Однажды молодой человек переоделся в женщину, когда модель Готлиб не вышла на работу. Он должен был надеть чулки и каблуки, чтобы выглядеть более похожим на модель. Странно, но Вегенер не чувствовал себя неловко в этой одежде. Вскоре это стало нормой, мужчина все чаще стал одеваться и идентифицировать себя как женщину. Этот переход оказался полезным для пары. Картины Готлиб, на которых был изображен ее муж в виде красивой женщины, стали довольно известными. До 1913 года люди даже не подозревали, что на картинах на самом деле был изображен супруг Готлиб. К 1920-м годам Вегенер почти полностью трансформировал свою личность, посещая публичные мероприятия со своей женой. Он был представлен другим как Лили Эльбе, сестра Эйнара. Никто, кроме его жены и ближайших друзей, не знал, кем на самом деле была Лили Эльбе. Примерно в это же время Лили узнала о возможности биологического преобразования своего тела. Процедура, хотя и на экспериментальной стадии, была возможна в Немецком институте сексуальных наук в Берлине, основанном доктором Магнусом Хиршфельдом. С этой целью бывший мужчина посетил Германию, и в течение следующих двух лет было выполнено четыре операции.
Вегенер познакомился со своей будущей женой Гердой Готлиб, еще будучи студентом художественной академии. Пара узаконила отношения в 1904 году, когда Герде было 19 лет, а Вегенеру — 22 года. После совместного путешествия в 1912 году, они решили поселиться в Париже. В образе женщины Эльбе вступила в романтические отношения с Клодом Леженом, французским торговцем произведений искусства. Ей хотелось выйти за него замуж и иметь с ним семью. Она надеялась, что ее последняя операция по пересадке матки сделает ее мечту о рождении детей реальностью. В июне 1931 года настало время долгожданной заключительной операции — трансплантации матки и строительства родового канала. Обе эти процедуры были еще на зарождающейся стадии. После операции ей была занесена инфекция, и в течение трех месяцев Эльбе умерла от остановки сердца 13 сентября 1931 года. Эрнст Людвиг Хартерн-Якобсон (под псевдонимом Нильс Хойер) собрал информацию о жизни Лили из ее личных дневников и опубликовал книгу «Мужчина в женщину» в 1933 году. Это одна из самых ранних вдохновляющих книг о жизни трансгендерного человека. Дэвид Эберсхоф стал автором международного бестселлера «Девушка из Дании» в 2000 году. Это было выдуманное описание жизни Лили Эльбе. Книга была превращена в одноименный фильм, получивший признание критиков, в 2015 году.