Будущий создатель логарифмов пришел в наш мир 1 февраля 1550 года в замке Мерчистон, Эдинбург, Шотландия. Его отец был богатым землевладельцем, а мать приходилась дочерью политику и судье Фрэнсису Ботвеллу. Как было принято среди юношей его социального положения, Джон получил свое начальное образование дома с частными репетиторами. В 13 лет Непера отправили в колледж Святого Сальватора в Сент-Эндрюс для получения официального образования. В колледже у него проявился интерес к богословию, и любовь к религии доминировала в его жизни до самого конца. Но он не задержался в колледже надолго и, похоже, ушел еще до получения степени. Не так много известно о том, как этот человек приобрел свой интерес к математике. Считается, что молодой Джон отправился в континентальную Европу для получения дальнейшего образования по совету своего дяди по материнской линии. Вполне вероятно, что он учился в Парижском университете, и также вероятно, что он провел некоторое время в Италии и Нидерландах.
В 1614 году Джон описал логарифмы в своей работе «Mirifici logarithmorum canonis descriptio», которая впервые была опубликована на латыни. Два года спустя был опубликован английский перевод. В книге было 57 страниц пояснительного материала и 90 страниц таблиц чисел, связанных с натуральными логарифмами. Непер также обсудил теорему в сферической тригонометрии, которая позже стала известной как «Правило круговых частей Непера». Он получил большое признание за свое изобретение логарифмов. Таким образом, логарифмы нашли применение в нескольких областях, включая астрономию, динамику и другие области физики. Джон Непер считается основателем того, что сейчас известно как логарифм. Термин часто используется для обозначения натурального логарифма. Его изобретение логарифмов проложило путь к дальнейшему прогрессу не только в математике, но также в астрономии, динамике и других областях физики. Он разработал вычислительное устройство с ручным управлением, которое стало известно как палочки Непера. Устройство может быть использовано для расчета продуктов и коэффициентов чисел. Метод основан на сочетании приемов, используемых в арабской математике.
Первая женитьба математика состоялась в 1572 году с Элизабет, дочерью Джеймса Стирлинга. У пары было двое детей. Супруга умерла в 1579 году. Затем Джон женился на Агнес Чишолм, с которой у него родилось еще десять детей. Математик умер 4 апреля 1617 года в Эдинбурге, Шотландия.