Жизнь писателя плохо документирована. Большинство свидетельств о его жизни не поддаются проверке. Сам год рождения остается предметом дискуссий. Скорее всего, он пришел в наш мир в 1494 году в долине Луары во Франции, в поместье недалеко от Шинона, в провинции Турень. Его отец, Антуан Рабле, был богатым адвокатом при короле. Он был видным представителем класса, связанным с наиболее влиятельными семьями в провинции. Считается, что в какой-то момент Франсуа находился во францисканском монастыре в Анже. Однако этот юноша едва обладал темпераментом, подходящим для типичной монашеской жизни. Некоторые предполагают, что он находился там только для того, чтобы иметь доступ к древнегреческим текстам. Позже стал монахом в монастыре Фонтене-ле-Конт, где занимался гуманистическими исследованиями. В 1524 году монастырь конфисковал греческие тексты. Через некоторое время Франсуа подружился с Жаном Буше и открыл для себя новый захватывающий круг ученых, юристов и филологов, состоящий из священнослужителей и мирян. В 1527 году отказался от монашеской жизни и путешествовал по Франции, останавливаясь в нескольких известных университетских городах, таких как: Орлеан, Париж и Тулуза.
Рабле учился в университете Монпелье примерно в 1530 году, там он занимался медициной. Через некоторое время начал выступать с публичными лекциями о Гиппократе и Галене, ссылаясь на оригинальные греческие тексты. Через два года стал врачом в известной больнице. Летом 1532 года, редактируя греческие медицинские тексты, Рабле написал свою книгу «Пантагрюэль», которую опубликовал осенью того же года. К 1534 году писатель стал личным врачом Жана дю Белле, епископа Парижа, а впоследствии и кардинала. Франсуа Рабле был также великим ученым и лектором по анатомии, получил докторскую степень по медицине в университете Монпелье в 1537 году. Он оставался уважаемым врачом до конца своей жизни. Влияние Рабле постоянно присутствует в европейской литературной традиции и истории. Даже критики сильно пострадали от его литературного мастерства. Авторы протестантских памфлетов часто просили его помочь сбить с толку их противников с помощью его слов. Немногие авторы в истории литературы оказали такое большое влияние на будущих писателей. От Джеймса Джойса до Сервантеса и Шекспира он вдохновлял практически каждого автора, который пришел за ним.
Во время обучения и практики в качестве врача в период между 1530 и 1532 годами Рабле завязал отношения с неназванной овдовевшей женщиной, от которой у него было двое детей: Франсуа и Жюни. Папа Павел IV в 1540 году дал обоим детям фамилию их отца.
Ничего не известно о причине или обстоятельствах смерти писателя, он умер в январе 1553 года в Париже.