Этот человек появился на свет 16 апреля 1919 года в Сентралии, штат Вашингтон, в семье Клиффорда Д. Каннингема, юриста. Он был вторым из трех его сыновей. После окончания средней школы юноша поступил в Университет Дж. Вашингтона, который оставил через год. В 1937 году Мерс поступил в Корнишский колледж искусств (город Сиэтл), который посещал в течение двух лет. Продолжая свои занятия по танцам и театральному искусству, он также посещал колледж Миллса и учился у Лестера Хортона, известного танцора и хореографа. Впоследствии был замечен и приглашен Мартой Грэм — известной танцовщицей — работать в ее компании. Он принял предложение и уехал в Нью-Йорк, чтобы сотрудничать с ней.
В 1939 году начал свою карьеру, будучи солистом в компании Грэм, выступал в качестве главного героя в различных постановках, в том числе в «El Penitente» (1939) и «Appalachian Spring» (1944). Кроме того, Мерс также начал работать в качестве хореографа и стал продюсером некоторых своих ранних работ, таких как «Root of an Unfocus» (1944) и «Mysterious Adventure» (1945). В 1945 году покинул компанию и начал сольную карьеру в качестве хореографа в сотрудничестве с другими артистами, включая Джона Кейджа. Постепенно Каннингем создал свой оригинальный стиль танца, известный как «случайная хореография», техника, в которой отдельные движения назначаются последовательно случайными методами. В 1953 году, работая профессором, он основал свою собственную танцевальную компанию. В нее входили такие танцоры, как: Каролин Браун, Виола Фарбер, Пол Тейлор и Реми Чарлип, а также музыканты, такие как: Джон Кейдж и Дэвид Тюдор. Компания имела успех, выступления поразили публику невероятной хореографией. В 1964 году они совершили свой первый международный тур, и Каннингем получил огромную благодарность со всего мира за свои нестандартные работы. В начале 1990-х годов хореограф начал использовать программу компьютерной анимации «DanceForms» для проведения хореографии. Он продолжал руководить своей танцевальной компанией до самой смерти.
Работая у Марты Грэм, хореограф познакомился с Джоном Кейджем, который впоследствии был его спутником и постоянным соавтором. Мерс Каннингем мирно скончался в возрасте 90 лет в своем доме в Нью-Йорке 26 июля 2009 года.