Этот представитель шотландского искусства появился на свет 7 июня 1868 года в Таунхеде, Глазго. Был четвертым из семи детей. Отец юноши работал в полиции города Глазго, а мать часто болела из-за стресса от частых родов. Отцу юноши принадлежал огород, что пробудило у Макинтоша интерес к органическому земледелию. В детстве он увлекался рисованием и часто проводил время создавая зарисовки. Чарльз провел свои первые годы в Тауехеде и Деннистауне в Глазго. Когда семья купила двухэтажный дом в пригороде столицы, Чарльз продемонстрировал свою архитектурную склонность, перестроив камин и добавив декор к стенам. Сначала он учился в школе Рейда, а затем поступил в институт Аллана Глена (1877), где изучал архитектурный и технический рисунок. Работая стажером у Дж. Хатчинсона, с 15 до 25 лет, проходил стажировку как художник под руководством директора школы Фрэнсиса Ньюбери. В художественной школе вместе с Гербертом Макнейром они завязали дружбу с сестрами Макдональд. Начали сотрудничать и изучать процесс создания мебели, металлоконструкции и иллюстрации. Их отличительный стиль был известен как «Школа Призраков», а сами они стали известны как «Четыре». Мать Макинтоша скончалась, когда ему было 17 лет. После этого он путешествовал по Европе, проводя время в Италии и создавая эскизы романских, византийских и готических зданий.
Одним из наиболее заметных архитектурных проектов Макинтоша была Школа искусств Глазго (1896–1909), которая считается первым оригинальным образцом архитектуры в стиле модерн в Великобритании. Он спроектировал два частных дома: «Windyhill» в Килмаколме (1899–1901) и «Hill House» в Хеленсборо (1902). Этот творческий человек также известен своими проектами чайных комнат «Уиллоу» в Глазго (1904). Принимал участие в двух крупных незавершенных проектах, в 1898 и 1901 гг.
В 1891 году архитектор был помолвлен с сестрой Джона Келпи. Однако разорвал помолвку, и это вызвало проблемы у него на работе. В 1892 году художник познакомился с Гербертом Макнейром, который впоследствии стал его лучшим другом, и Маргарет Макдональд. Чарльз и Маргарет стали супругами в 1900 году и вскоре переехали в квартиру на Мейн-стрит, 120. Они принимали множество художников из континентальной Европы. У них не было детей, но они часто развлекали детей друзей. Став управляющим в компании «Honeyman and Keppie», Макинтош переехал в свой новый дом на Флорентийской террасе, в шикарном районе Уэст-Энда, со своей женой. Они оставались там с 1906 по 1914 год. После этого несколько раз переезжали. В последние годы художник утратил способность говорить из-за злокачественной опухоли
языка и горла и умер 10 декабря 1928 года с карандашом в руке. Его похороны проходили в крематории «Golders Green».