Музыкант появился на свет в Рио-де-Жанейро в богатой семье. Рауль, его отец был библиотекарем, астрономом-любителем и музыкантом. Юноша получил большую часть своего музыкального обучения у своего отца, который являлся одним из прекрасных музыкантов-любителей в Рио. В 1899 году, после трагической кончины Рауля, мать безжалостно убеждала Эйтора освоить медицинскую профессию. Однако он не обращал внимание на желание матери и продолжил развивать музыкальные способности, играя на вечеринках, улицах и в кафе, зарабатывая на жизнь для своей семьи. Через несколько лет смог играть на виолончели как профессионал и продолжил зарабатывать себе на жизнь игрой в кафе. Вила-Лобос предавался путешествию по бразильской сельской местности, чтобы насладиться чистой местной музыкой на своей родине, и вел богемный образ жизни с восемнадцати до двадцати пяти лет. Позже он поступил в Национальный институт музыки в Рио-де-Жанейро, где использовал эту возможность, чтобы усовершенствовать свой музыкальный стиль. Эйтору посчастливилось родиться в музыкальной семье, где каждые выходные они развлекали музыкантов дома и слушали музыкальные концерты поздно вечером. Хотя его семья хотела, чтобы он продолжил медицинское образование, молодой человек был полон решимости сделать музыку своей карьерой.
Научился игре на виолончели, кларнете и гитаре в очень молодом возрасте и выступал в кафе и на вечеринках. В то время бразильская культура находилась под сильным влиянием африканской, португальской и индейской культур. Вила-Лобос собрал все уникальные черты культур и объединил все ценные элементы для создания разнообразного звука. Это было что-то особенное, и люди никогда раньше не сталкивались с подобной смесью в области классической музыки. Его работа на родине получила неоднозначные отзывы. В то время как некоторые не понимали его композиций, другим понравилось новое звучание, и они приняли эту идею.
В 1912 году его супругой стала пианистка Люсилиа Гимараинш. Музыкант играл на виолончели в оркестрах на вечеринках по всему городу, чтобы заработать на жизнь. Он начал публиковать свои произведения в 1913 году и в 1915-1921 гг., изредка сочинял камерные концерты. В 1936 году, когда ему было сорок девять, у него был роман с Арминдой Невис Алмейдой, которая также была музыкантом и оказала большое влияние на композитора. Он посвятил ей несколько работ. После его смерти Арминда стала директором Музея Вила-Лобоса в 1960 году и сохраняла эту должность до своей смерти в 1985 году. Именно благодаря этому творческому человеку композиторы классической музыки стремились объединить элементы, полученные из разных культур, что привело к развитию и уникальности сочиненной музыки, которая представлялась публике. Аарон Копленд и Леонард Бернстайн считали музыку Вила-Лобоса новым восприятием музыкального языка Нового Света.