Этот представитель импрессионизма появился на свет в Тульне, Австрия, в семье Адольфа и Мари Шиле. Его отец работал начальником станции города на австрийской государственной железной дороге и умер от сифилиса, когда Эгону было всего 15 лет. До 11 лет Шиле увлекался поездами и рисовал их. Он не был прилежным учеником и интересовался только легкой атлетикой и рисованием. Когда отец умер, его дядя по материнской линии, Леопольд Чихачек, стал официальным опекуном мальчика. Дядю беспокоило то, что юноша не проявлял интереса к учебе, но Леопольд признавал его способности к рисованию. После длительного сопротивления в 1906 году он позволил ему учиться в Вене (в школе искусств), а через год его отправили в академию для более традиционного обучения.
С 1910 по 14 год Шиле начал принимать участие в различных выставках: в Праге (1910), Будапеште (1912), Кельне (1912), сецессионистских выставках в Мюнхене и персональных выставках в Париже (1914). В 1912 году его арестовали за сексуальные отношения с несовершеннолетней. Он провел 24 дня в тюрьме и написал там серию из 12 картин, изображающих невзгоды тюремной жизни. Работая в армии, продолжал выставляться в Берлине, Мюнхене и Дрездене. Художник также рисовал русских военнопленных и использовал заброшенную кладовую в качестве своей студии.
В 1911 году Шиле познакомился с Вальбургой (Валли) Нойзил, 17-летней моделью, она позировала для некоторых его картин. Была представлена художнику Густавом Климтом. Многие считают ее любовницей Климта. Эгон сбежал с ней из Вены в небольшой городок Чески-Крумлов на юге Чехии, но их возмутительный образ жизни не одобрялся жителями города. Особенно им не нравилось то, что Шиле использовал девочек-подростков в качестве моделей. Столкнувшись с сопротивлением людей, пара переехала в Нойленгбах и продолжила там свой образ жизни. Студия Шиле прославилась тем, что была местом встречи неблагополучных детей города. В 1912 году он был арестован за соблазнение девушки, не достигшей возраста, в котором можно дать согласие на вступление в сексуальные отношения. Художника посадили в тюрьму, а его картины объявили порнографическими и эротическими. Он женился на Эдит Хармс в 1915 году и хотел продолжить роман с Валли, но модель ушла от него. Именно тогда Эгон написал свою знаменитую картину «Смерть и девушка». В 1918 году жена Шиле умерла от испанского гриппа, от которого уже погибло 20 миллионов человек в Европе. Когда женщина умерла, она была на шестом месяце беременности, и в течение трех дней после ее смерти Шиле тоже скончалась.