Будущий кардинал пришел в наш мир 13 сентября 1475 года в Риме. До сих пор оспаривается дата его рождения, так же, как и то, кто его отец. Считается, что он незаконнорожденный сын кардинала Родриго Борджиа и его любовницы Ваноццы деи Каттанеи. Чезаре также считается сыном Доменико ди Риньяно, который был мужем Ваноццы. Однако, когда Родриго позже стал Папой и был назван Александром VI, он принял Чезаре как своего сына. Его братьями и сестрами были: Лукреция, Джоффре и Джованни Борджиа. Он имел испано-итальянское происхождение и получил начальное и юридическое образование в Перудже и Пизе. Впоследствии изучал право в учебном заведении, ныне известном как Римский университет Ла Сапиенца. В ранние годы его приучали делать карьеру в церкви, а его брат Джованни считался будущим военачальником. Однако Чезаре не был склонен к мирским обязанностям духовенства и завидовал военной карьере брата.
Ему было всего 15 лет, когда он стал епископом в Испании. В возрасте 17 лет он был назначен архиепископом Валенсии. В 1494 году получил титул аббата Сен-Мишель-де-Кукса. Когда его отец был назначен Папой, юноша стал кардиналом в возрасте 18 лет и был назначен близким советником своего отца. В августе 1498 года он ушел в отставку с поста кардинала и был назван герцогом Валентинуа королем Франции Людовиком XII. Его военной карьере способствовали покровительство отца и семейное положение жены. Когда Людовик XII вторгся в Италию в 1499 году, его сопровождал Чезаре. В награду Борджиа получил собственное государство, выделенное из северной части Италии. Помимо папской армии, под его началом находились несколько итальянских наемников и элементы швейцарской кавалерии и французской пехоты. По приказу короля Франции он завоевал города Имола и Форли в Романье. Даже после того, как его французские войска были выведены, он еще больше расширил свою территорию с помощью папского патронажа и захватил соседние города, включая Урбино и Камерино. Это помогло ему стать герцогом Романьи. Его войска шли от одной победы к другой, пока они не захватили Капую, что привело к падению испанской власти в Южной Италии.
В мае 1499 года дворянин связал себя узами брака с Шарлоттой д’Альбре, сестрой короля Наварры Иоанна III, и у него была дочь по имени Луиза Борджиа, герцогиня Валентинуа. Также считается, что у него есть по крайней мере 11 внебрачных детей. Говорят, что из-за его женственного характера он страдал сифилисом с 20 лет. Есть информация, что Санча Арагонская, жена его младшего брата Джоффре, также была любовницей Чезаре и его другого брата, Джованни. Когда Джованни, который являлся капитаном в армии, был убит и брошен в реку Тибр с перерезанным горлом, Чезаре заподозрили в убийстве, поскольку это событие не только открыло путь для карьеры в армии, но и разрешило вопрос общей любовницы. Борджиа приобрел репутацию эффективного военачальника, который был абсолютно безжалостен, когда дело доходило до сохранения власти над своими подданными. Он был храбрым, отважным и полон решимости достичь своей цели любым возможным способом. Убийство, взяточничество и обман были частью его жизни.