Будущий политический лидер пришел в наш мир 22 марта 1869 года. Его родной город —Кавите. Родители Эмилио были парой тагальских китайских метисов, которые вырастили юношу и его семерых братьев и сестер в достатке. Карлос (отец) служил муниципальным губернатором в испанской колониальной администрации. Агинальдо был студентом колледжа, но не смог завершить свое образование из-за вспышки холеры. Когда ему исполнилось 25 лет, он был назначен первым губернатором Кавите-эль-Вьехо.
1 января 1895 года Эмилио вступил в масонское общество. Два года спустя, по совету Сантьяго Альвареса, сына муниципального мэра, он стал участвовать в вооруженном движении против испанцев и за свободу Филиппин, присоединившись к тайному революционному обществу, которое вело ожесточенную и в конечном итоге успешную войну за независимость. Как генерал филиппинских войск политик привел революционеров к нескольким победам над испанцами, в том числе в битве при Имусе (1–3 сентября 1896 г.), двойных битвах при Бинакаян-Далахикане (9–11 ноября 1896 г.) и битве при мосту Сапоте (17 февраля 1897 г.). В декабре 1897 года им была заключена сделка с испанцами. Этот человек согласился на постоянное изгнание из своей страны в обмен на существенное финансовое вознаграждение от Испании и гарантии проведения либеральных реформ. Это означало окончание революционной войны. Во время своего изгнания Агинальдо жил в Гонконге и Сингапуре, где встречался с представителями правительства США. С началом испано-американской войны Эмилио вернулся на Филиппины 19 мая 1898 года и снова стал командующим революционными силами. Благодаря прокламации, изданной пятью днями позже, он стал лидером всех филиппинских сил и диктатором.
Первый президент женился дважды в своей жизни. Его первой супругой была Хилария дель Росарио, с которой он обменялся свадебными клятвами 1 января 1896 года. У них было пятеро детей. 6 марта 1921 года жена скончалась из-за осложнений, связанных с туберкулезом легких. 14 июля 1930 года Агинальдо связал себя узами брака с Марией Агонсио в церкви Барасоайн. Пара была вместе следующие 33 года, вплоть до ее смерти 29 мая 1963 года. В 1950 глава государства Кирино предоставил ему пост члена Государственного совета Филиппин. Там он посвятил себя «интересам и благополучию солдат-ветеранов». В 1962 году еще один президент объявил, что Филиппины будут отмечать День независимости 12 июня, чтобы увековечить имя Агинальдо и революцию 1898 года. Ранее в стране этот праздник отмечался 4 июля. Политик скончался, когда ему было 94 года. Это произошло 6 февраля 1964 года. С тех пор его особняк стал святыней, «увековечивающей дух революции 1896 года». В 1964 году вышли его мемуары «Воспоминания о революции».