Сын Тутмоса II и его наложницы Исиды. При жизни отца был жрецом в Карнакском храме и не считался наследником, поскольку согласно практике начала Восемнадцатой династии наследником Тутмоса II должен был стать муж его дочери от Хатшепсут Нефруры по достижении ею брачного возраста. Однако Тутмос II умер молодым, когда его дочь была еще в младенчестве. Наследником был провозглашен Тутмос III; сомнения в его правах на власть как сына наложницы были устранены фиванскими жрецами бога Амона-Ра с помощью оракула. Вступив на престол после смерти отца в 1490 до н. э., через год он был фактически отстранен от власти ставшей его соправительницей Хатшепсут. При жизни Хатшепсут Тутмос III стоял во главе египетской армии и проявил себя способным полководцем, совершив успешные походы на Синай, в Нубию и Палестину. Вероятно, уже в это время Тутмос III, опираясь на войска, приобретает большое влияние. Став ок. 1468 до н. э. единовластным правителем, он стремится стереть память о предшествующем царствовании, повсеместно уничтожая имена и изображения Хатшепсут (не трогая главного памятника ее времени - заупокойного храма царицы в Дейр-эль-Бахри).
К концу правления Хатшепсут влиянию Египта в Сирии-Палестине противостояла коалиция городов этого района, возглавляемая правителями Мегиддо и Кадеша и, очевидно, поддерживаемая главным противником Египта в Азии - государством Митанни (Северная Месопотамия). Стремясь восстановить контроль Египта над азиатскими владениями, Тутмос III в 1468 до н. э. начинает кампанию в Азии, подробно описанную в летописи его царствования. Быстрым (за 21 день) маршем войска Тутмоса III преодолели расстояние от востока дельты Нила до города Мегиддо (Северная Палестина), у которого были сосредоточены главные силы антиегипетской коалиции. Попытка взять город с ходу не удалась, и за ней последовала его семимесячная осада. После сдачи Мегиддо лидеры антиегипетской коалиции признали зависимость от Тутмоса III, и гегемония Египта в Сирии-Палестине была восстановлена. В дальнейшем, с 1466 по 1448 до н. э. Тутмос III совершил не менее 15 походов в Сирию-Палестину. По-видимому, одной из главных целей этих походов, обычно совершаемых во время сбора урожая, была военная добыча (пленные составляли лишь небольшую часть захваченного), большая часть которой передавалась храмам Амона-Ра в Фивах.
В 1458 до н. э. очередной поход привел к прямому столкновению Египта с Митанни: перейдя через реку Евфрат, Тутмос III опустошил западную часть этого государства. В 1456 до н. э. войска Митанни были разбиты в Северной Сирии. Границей сфер влияния двух "сверхдержав" Передней Азии стал Евфрат, что явилось максимальным в истории Египта расширением его владений в Азии. Действия Тутмоса III в Нубии ограничивались легкими карательными экспедициями. Южным рубежом Египта был район четвертого порога Нила. Строительная деятельность Тутмоса III велась по всему Египту и даже в его владениях в Азии и Нубии. Наиболее известен храм в честь празднества тридцатилетия правления фараона (хеб-седа), на стенах которого высечена его летопись (Анналы Тутмоса III), и другие постройки в Карнаке.