Борис Стругацкий родился 15 апреля 1933 года в Ленинграде, где его отец Н. З. Стругацкий был только что назначен научным сотрудником Государственного Русского музея. Во время Великой Отечественной войны семья Стругацких оказалась в осаждённом Ленинграде. В 1950 году окончил школу с серебряной медалью и собирался поступать на физический факультет ЛГУ, однако из-за национальности принят не был, тогда документы отдал на математико-механический факультет Ленинградского государственного университета по специальности «звёздный астроном», который закончил в 1955 году, работал на счётной станции Пулковской обсерватории инженером-эксплуатационником по счётно-аналитическим машинам.
С 1966 года — профессиональный писатель, член Союза Писателей СССР.
С 1972 года — руководитель Ленинградского семинара молодых писателей-фантастов (впоследствии стал известен как «семинар Бориса Стругацкого»).
Широкая известность пришла к братьям Стругацким после публикации первых научно-фантастических рассказов, представлявших собой образцы добротной «твердой» (естественнонаучной) научной фантастики и отличавшихся от других произведений тех лет большим вниманием к психологической разработке характеров — «Шесть спичек» (1959), «Испытание "СКИБР"» (1960), «Частные предположения» (1960) и другие; большинство составило сборник «Шесть спичек» (1960). Однако в ряде ранних рассказов братьев Стругацких впервые успешно опробовали метод построения собственной истории будущего — первой и по сей день остающейся непревзойденной в советской научной фантастики.
На всем протяжении творческой деятельности Стругацкие выступали как горячие пропагандисты и публицисты фантастики, авторы предисловий и послесловий, выступлений на актуальные темы жанра. Статьи, выступления и интервью Стругацких объединены в пятитомник «Стругацкие о себе, литературе и мире» (1991—1994) и сборник «Куда ж нам плыть?» (1991), в которые вошла также ранее не опубликованная научно-фантастическая публицистика.
Произведения братьев Стругацких выдержали более 500 изданий, в том числе, в переводах на 42 языка в 33 странах мира. Их именем названа международная литературная премия в области фантастики - "АБС-премия". Произведения братьев Стругацких неоднократно экранизировались, в том числе такими режиссерами, как Андрей Тарковский (фильм "Сталкер") и Александр Сокуров (фильм "Дни затмения"); а также режиссером Федором Бондарчуком (фильм "Обитаемый остров") в 2008 году. Именем Стругацких названа малая планета № 3054, открытая 11 сентября 1977 года в Крымской астрофизической обсерватории.
После смерти брата Аркадия в 1991 году Борис Натанович создает роман "Поиск предназначения, или Двадцать седьмая теорема этики", он писался "долго и мучительно" и вышел в 1995 году под псевдонимом С. Витицкий. В 2003 под этим же именем появилась книга "Бессильные мира сего". В настоящее время, по словам мастера, над крупными формами он не работает и пишет "главным образом, рецензии и интервью для разных изданий".
Учредитель премии «Бронзовая улитка».
С 2002 года главный редактор журнала «Полдень XXI век».
В 2006 году участвовал в создании книги «Автограф века». Собственноручно поставил свой автограф в каждом экземпляре этой книги, вышедшей тиражом 250 экземпляров.
В 2002 году Борис Стругацкий стал лауреатом премии Президента РФ в области литературы и искусства. В 2008 году Борису Стругацкому присуждена медаль «Символ Науки».
Живет и работает в Петербурге.
Бориса Стругацкого часто называют предсказателем будущего, однако сам он себя таковым не считает, "ни фантастика, ни футурология ничего существенного предсказать не способны. Разве что случайно". "Писатель может почувствовать дух грядущего, но детали всегда остаются за пределами человеческих возможностей", - отмечает он.