Родился в Берлине, обучался в различных частных школах Европы, в 1934 покинул Германию. Изучал физику, а затем психологию в Лондонском университете. Профессор психологии (с 1955), преподавал в ряде ведущих университетов, в 1983-1985 президент Международного общества исследователей индивидуальных различий, редактор-основатель журнала «Behavior Research and Therapy» (1963), с 1980 редактор журнала «Personality and Individual Differences».
Первые научные публикации посвящены факторному аналитическому исследованию тестов по определению коэффициента интеллектуальности. Продемонстрировал наличие общего фактора интеллектуальности, фактически поддержав идею Ч. Спирмана об общей интеллектуальной функции. Разработал несколько широко используемых стандартных психологических тестов: «Mandsley Personality Inventory» (1959), «Eysenk Personality Inventory» (1963), «Eysenk Personality Questionaire» (1975, совместно с женой Сибиллой Б. Г. Айзенк). Позднее, будучи сотрудником ведущих психиатрических центров Великобритании, начинает заниматься проблемами клинической психологии, главным образом, теорией личности и критикой психоанализа. Одна из основных идей Айзенка состоит в выделении экстраверсии – интроверсии и невротизма –стабильности в качестве основных факторов человеческой личности. Кроме того, Айзенк предположил, что существуют типы личности, склонные к определенным видам психопатологий; например, невротические интроверты более склонны к депрессиям, а невротические экстраверты – к истериям. В дальнейшем ученый расширил сферу исследований личностной предрасположенности к различным заболеваниям. Не считая психоанализ (особенно в его фрейдистском варианте) эффективным средством лечения душевных расстройств, Айзенк высказывается в пользу так называемой «бихевиоральной психотерапии». С 1970-х возобновляет исследования по проблемам искусственного интеллекта, сконцентрировав внимание на поиске критерия оценки интеллекта и взаимосвязи наследственных факторов и воспитания.
Ганс Юрген Айзенк умер - 4 сентября 1997 года в возрасте 81 года от рака мозга.