Сакаджавея родилась в 1788 году недалеко от восточного штата Айдахо. Она была из племени Лемхи, ветви племени шошонов. Считается, что ее шошонское имя было Боинаив, что означает "дева травы". Около 1800 года она была захвачена в плен племенем Хидаца и уведена в их деревню в верховьях реки Миссури, в современной Северной Дакоте. Хидаца, возможно, и дали ей имя Сакагавеа, которое происходило от слов "птица" и "женщина".
Сакагавеа и еще одна шошонская девушка были позже проданы франко-канадскому охотнику, Туссо Шарбоне, который жил среди индейцев. Следуя местным обычаям, Шарбоне женился на обеих девочках примерно в 1804 году. Той же осенью экспедиция, которой командовали капитан Льюис и лейтенант Кларк, прибыла к месту стоянки племени Мандан, вблизи того места, где теперь находится город Бисмарк, штат Северная Дакота, чтобы перезимовать. Льюис и Кларк наняли Шарбонне в качестве переводчика и проводника, когда они продолжат их экспедицию к Тихоокеанскому побережью, и было решено, что Сакагавеа будет так же их сопровождать. 11 февраля 1805 года, Сакагавеа родила мальчика, которого назвали Жаном-Батистом. Когда экспедиция вышла из селения 7 апреля, Сакагавеа ушла вместе с экспедицией, неся на спине своего новорожденного ребенка.
Сакагавеа оказалось очень полезна для экспедиции. Она идентифицировала растения, искала съедобные плоды и овощи. Когда во время спуска по одной из рек опрокинулась лодка, она спасла журналы, лекарства, и другие ценности, которые упали за борт. По возвращении, Льюис и Кларк назвали эту реку Сахкагервеах ("Река Женщины-Птицы"), в ее честь. Ее сила духа перед лицом опасностей и лишений позже стала легендарной.
17 августа около современного Армстеда, в штате Монтана, экспедиция столкнулась с шошонским племенем во главе с братом Сакагавеа Камеахваитом. Эмоциональный климат, созданный их воссоединением, имел благотворный эффект на переговоры относительно лошадей и проводников, без которых экспедиция была бы обречена. Присутствие индейской женщины и ребенка в экспедиции помогало улучшить отношение к отряду со стороны индейских племен. Кларк говорил, что "женщина в отряде мужчин - символ мира". Шарбоне и Сакагавеа позволили исследователям найти контакт с различными племенами равнинной части и северо-запада Америки. После возвращения Сакагавеа и Шарбоне остались жить в племени Мандан, в то время как остальная часть группы вернулась в Cент-Луис, в Mиссури.
Есть свидетельство, что Сакагавеа и Шарбоне путешествовали в Cент-Луис в 1809 году, чтобы оставить Кларку на воспитание их сына. Одни источники считают, что Сакагавеа умерла вскоре после этого события, в 1812 году в форте Мануел, в современной Южной Дакоте. Другие биографы считают, однако, что женщина, которая умерла в форте Мануел был другая жена Шарбоне, и что Сакагавеа, в конце концов, воссоединилась с родным племенем шошонов в резервации в Вайоминге и умерла там в 1844 году.
